A szoftverkörnyezet kiválasztása alapvetően meghatározza a térinformatikai rendszer felhasználási területét és hatékonyságát. Mivel a szoftver egy nagyságrenddel nagyobb költséget jelenthet a hardvernél, a programok egy része pedig akár 5-12 évig üzemben marad, így az előrelátó tervezés ebben az esetben hatványozottan fontos. Érdemes kiemelni, hogy a szoftverkörnyezet kiépítése a térinformatikai feladatokat ellátó programok mellett az operációs rendszerre (OS – operating system) és egyéb segédprogramokra (pl. adatbázis szerver, irodai alkalmazások stb) is kiterjed. Ezek költsége sokszor nem elhanyagolható. Az operációs rendszer meghatározza a választható szoftverek körét is, mivel sok GIS alkalmazás nem érhető el minden OS-re. A térinformatikai szoftverek megválasztásánál figyelembe kell venni az elvégzendő feladat összetettségét. Léteznek univerzális szoftverek, melyekkel több szakterület egyszerűbb elemzései elvégezhetők, míg a speciálisan egyetlen feladatra (pl. hidrológiai modellezés) fejlesztett programok az átlagosnál jóval több és összetettebb eszközt kínálnak, így bonyolultabb problémák megoldására is alkalmasak (14.1. ábra). A moduláris felépítésű szoftverek e két tulajdonságot ötvözik, ingyenes vagy fizetős modulok telepítésével juthatunk egy-egy szakterület részletes eszköztárához.
